يتضمن دار المصطفى وفروعه عدة مراحل من قسم التعليم الشرعي، وهي على النحو التالي:
أ- مرحلة الابتدائية الشرعية
مدة الدراسة:
يمكن لمن أتقن القراءة والكتابة، وكان متوسط الفهم، ومتفرغاً لتعلم الشريعة، أن يتلقى منهج هذه المرحلة خلال سنة واحدة، ويدرسها من لم يتقن القراءة والكتابة من الأولاد التابعين لآبائهم وغير المتفرغين لتعلم الشريعة بين ثلاث إلى أربع سنوات.
محل الدراسة:
الأصل أن يدرس الطلاب هذه المرحلة في أحد فروع الدار، ويدرسها في الدار الأولاد التابعين لأوليائهم لتعذر انتقالهم إلى الفروع.
ب- مرحلة الاعدادية الشرعية
مدة الدراسة:
المدة المحددة لتلقيها ثلاث سنوات دراسية.
محل الدراسة:
الأصل ترتيب دراستها في أحد فروع الدار إن تيسر.
ت- مرحلة الاطلاع الشرعي
مدة الدراسة:
المدة المحددة لتلقيها ثلاث سنوات دراسية.
محل الدراسة:
الأصل ترتيب دراستها في الدار.
ث- مرحلة العالِمية الشرعية
مدة الدراسة:
المدة المحددة لتلقيها ثلاث سنوات دراسية.
محل الدراسة:
الأصل ترتيب دراستها في الدار.